Messner engagierte sich schon seit den 1980er-Jahren für den Umweltschutz, 1999 wurde er als parteiloser Kandidat für die Grünen für fünf Jahre ins Europäische Parlament gewählt. Danach bewarb er sich für seine Wiederwahl statt bei der italienischen Grünen Partei bei den bayerischen Grünen, wurde dort aber nicht als Kandidat akzeptiert. Er ist Politiker der Südtiroler Grünen. Vom 20. Juli 1999 bis zum 19. Juli 2004 vertrat er die italienischen Grünen im Europäischen Parlament.
